La didattica erogata durante il corso del quinquennio si articola in lezioni frontali di ispirazione teorico-pratica e in seminari periodici di interesse superspecialistico.

La cadenza delle lezioni è settimanale, con i previsti periodi di pausa accademica, il calendario viene aggiornato annualmente e condiviso con i Medici in Formazione Specialistica da parte della Segreteria Didattica, che provvede a ricordare settimanalmente l'argomento della lezione. La frequenza delle lezioni è obbligatoria pena la non ammissione all'esame di passaggio di fine anno.

Gli argomenti delle lezioni coprono quasi interamente la disciplina pediatrica e vedono coinvolti i principali esperti dell'Istituto, coadiuvati dagli stessi Medici Specializzandi.

Parallelamente all'offerta della Scuola gli specializzandi ricevono inviti alle numerose iniziative scientifico-divulgative dell'Istituto, la cui partecipazione è fortemente consigliata e spesso supportata economicamente, nei casi previsti, dalla Direzione stessa della Scuola.

Così come per le lezioni, il Medico Specializzando è fortemente incoraggiato a partecipare a Corsi e Congressi sia nazionali che internazionali, preferibilmente come presentatore: a tale scopo la Scuola riserva un budget per ciascun medico, volto a supportare la partecipazione ai suddetti eventi.

Gli specializzandi sono stimolati ad organizzare o partecipare ai Journal Clubs che vengono indetti periodicamente dalle singole Unità Operative; inoltre, la Scuola privilegia la formazione pratica organizzando lezioni di simulazione/corsi certificati e incentivando, anche attraverso contributi economici dedicati, la partecipazione degli stessi alle competizioni nazionali interscuola.